Kyon, mahasiswa SMA, telah lama menyerah keyakinannya pada supranatural. Namun, setelah pertemuan Haruhi Suzumiya, ia cepat menemukan bahwa itu adalah supranatural dan dia tertarik, alien, waktu dan esper wisatawan antara lain. Ketika Haruhi mengeluh tentang kurang menariknya klub di sekitar sekolah, Kyon menyarankan Haruhi untuk membentuk klub sendiri. Akibatnya, Brigade SOS terbentuk, klub yang mengkhususkan diri dalam semua yang gaib.
Banyak yang kecewa, Kyon, bersama dengan kutu buku yang pendiam, Yuki Nagato, yang Mikuru Asahina yang pemalu dan penakut, dan terus-menerus tersenyum Itsuki Koizumi, yang direkrut sebagai anggota. Cerita ini mengikuti petualangan gila keempat tentang bertahan di bawah pemimpin aneh mereka, Haruhi. Cerita ini berdasarkan Light Novel oleh Nagaru Tanigawa.